فرمانداری جلفا یکی از مهم‌ترین نهادهای اجرایی شهرستان جلفا است که مسئولیت مدیریت، نظارت وهماهنگی بر اجرای سیاست‌ها و برنامه‌های دولت در سطح شهرستان را بر عهده دارد. این مجموعه به عنوان نماینده دولت در شهرستان، نقش مهمی در برنامه‌ریزی توسعه، هماهنگی میان دستگاه‌های اجرایی، رسیدگی به مسائل عمومی و پیگیری مطالبات شهروندان ایجاد می‌کند. فرمانداری جلفا زیر نظر استانداری آذربایجان شرقی فعالیت می‌کند و فرماندار به عنوان عالی‌ترین مقام اجرایی شهرستان، مسئول نظارت و هدایت بر عملکرد ادارات و سازمان‌های دولتی است.
شهرستان جلفا در شمال استان آذربایجان شرقی و در مجاورت رود ارس، جمهوری آذربایجان و ارمنستان قرار گرفته است. این موقعیت مرزی، جلفا را به یکی از مهم‌ترین شهرستان‌های کشور از نظر حمل‌ونقل، تجارت، گمرک و ارتباطات بین‌المللی تبدیل کرده است. همچنین بخش مهمی از منطقه آزاد تجاری ـ صنعتی ارس در محدوده این شهرستان قرار دارد که اهمیت اقتصادی و راهبردی آن را چندان کرده است. فرمانداری جلفا در چنین شرایطی وظیفه هماهنگی میان دستگاه‌های اقتصادی، اجرایی و خدماتی را برای مدیریت بهتر امور شهرستان بر عهده دارد.
یکی از مهم‌ترین وظایف فرمانداری جلفا، ایجاد هماهنگی میان سازمان‌های دولتی و ادارات است. این مجموعه با برگزاری شورای تأمین، جلسات شورای اداری ، کارگروه‌های تخصصی و نشست‌های توسعه‌ای، روند اجرای پروژه‌های عمرانی، اقتصادی، فرهنگی و اجتماعی را پیگیری می‌کند. دستگاه‌هایی مانند جهاد کشاورزی، اداره راه و شهرسازی، آموزش و پرورش، شبکه بهداشت و درمان، اداره راه و شهرسازی، منابع طبیعی، گمرک، بخشداری‌ها و سایر نهادهای اجرایی با هماهنگی فرمانداری فعالیت می‌کنند.
فرمانداری جلفا در زمینه توسعه اقتصادی نقش بسیار مهمی دارد. وجود منطقه آزاد ارس، پایانه‌های مرزی، گمرک جلفا، راه‌آهن بین‌المللی و ظرفیت‌های گسترده تجاری باعث شده است این شهرستان به یکی از قطب‌های اقتصادی شمال‌غرب کشور تبدیل شود. فرمانداری با همکاری منطقه آزاد ارس، گمرک، سرمایه‌گذاران و دستگاه‌های اقتصادی، توسعه صنایع، زمینه جذب سرمایه، رونق صادرات، ایجاد اشتغال و حمایت از تولید را فراهم می‌کند. همچنین مشکلات واحدهای تولیدی اقتصادی در جلسات مختلف بررسی و برای رفع آن‌ها هدفمندی می‌شود.
در حوزه کشاورزی نیز فرمانداری جلفا فعالیت‌های گسترده‌ای انجام می‌دهد. شهرستان جلفا به دلیل برخورداری از اراضی حاصلخیز ، گلخانه‌ها، باغ‌های میوه و ظرفیت‌های دامداری، یکی از مناطق مهم کشاورزی استان محسوب می‌شود. فرمانداری با همکاری جهاد کشاورزی، برنامه‌هایی برای پیشرفت آبیاری جدید، افزایش بهره‌وری، حمایت از کشاورزان و توسعه صنایع تبدیلی اجرا می‌کند تا زمینه رشد اقتصادی روستاها نیززیاد شود.
فرمانداری جلفا همچنین مسئول برگزاری انتخابات در سطح شهرستان است. این نهاد با تشکیل ستاد انتخابات، فراهم کردن امکانات لازم و نظارت بر اجرای قوانین، سازماندهی عوامل اجرایی، شرایط لازم برای برگزاری انتخابات منظم و قانونی را فراهم می‌کند. اجرای دقیق قوانین انتخاباتی و ایجاد زمینه مشارکت گسترده مردم از مسئولیت‌های مهم فرمانداری محسوب می‌شود.
از دیگر مسئولیت‌های مهم فرمانداری جلفا، توسعه زیرساخت‌های عمرانی است. این مجموعه اجرای پروژه‌هایی مانند توسعه شبکه‌های آب، بهسازی راه‌های شهری و روستایی، گاز، برق، مخابرات، ارتقای امکانات آموزشی، درمانی و خدمات عمومی را پیگیری می‌کند. همچنین فرمانداری با همکاری شوراهای اسلامی روستا و شهر، دهیاری‌ها و شهرداری‌ها، نیازهای مناطق مختلف شهرستان را شناسایی کرده و برای رفع آن‌ها برنامه‌ریزی می‌کند.
فرمانداری جلفا در حوزه فرهنگی و اجتماعی نیز نقش هماهنگ‌کننده دارد. این مجموعه با همکاری آموزشی و سازمان‌های مردم‌نهاد، ادارات فرهنگی، ورزشی، برنامه‌های مختلفی در زمینه ارتقای فرهنگ عمومی، افزایش مشارکت اجتماعی، حمایت از جوانان، بانوان و فعالیت‌های فرهنگی اجرا می‌کند. همچنین رسیدگی به مسائل اجتماعی، کاهش آسیب‌های اجتماعی و افزایش تعامل میان مردم و مسئولان از دیگر وظایف این موسسه است.
مدیریت بحران یکی دیگر از بخش‌های مهم فعالیت فرمانداری جلفا است. با توجه به موقعیت جغرافیایی شهرستان و احتمال وقوع حوادث وجود دارد که فرمانداری مسئول هماهنگی میان دستگاه‌های امدادی، خدماتی و انتظامی است. تشکیل ستاد مدیریت بحران، نظارت بر آمادگی نیروهای امدادی وبرنامه‌ریزی برای مقابله با حوادث، مدیریت شرایط اضطراری از مهم‌ترین وظایف این مجموعه در این حوزه می توان اشاره کرد.
از دیگر وظایف فرمانداری می‌توان به رسیدگی به درخواست‌ها و مشکلات شهروندان، عملکرد بخشداری‌ها، هماهنگی با شوراهای اسلامی، پیگیری پروژه‌های توسعه‌ای و ایجاد ارتباط میان مردم و دولت اشاره کرد. این مجموعه تلاش می‌کند با ملاقات‌های مردمی و بررسی مشکلات شهرستان، پاسخگوی نیازهای عمومی باشد و زمینه توسعه منطقه را فراهم کند.