موزه باستان‌شناسی نطنز (خانه باقری‌های نطنز) در خانه تاریخی باقری‌ها در مجاورت مسجد جامع نطنز قرار دارد. این خانه از بناهای اواخر دوره صفویه و اوایل دوره قاجار (حدود ۳۰۰ تا ۴۰۰ سال پیش) است و پس از مرمت به نخستین موزه باستان‌شناسی استان اصفهان تبدیل شد.
در این موزه مجموعه‌ای از اشیای تاریخی و باستان‌شناسی کشف‌شده از محوطه‌های باستانی نطنز، به‌ویژه اریسمان و میلاجرد نگهداری می‌شود. آثار شامل سفالینه‌های منقوش، ابزارهای سنگی و فلزی، اشیای مربوط به فلزکاری، ظروف و یافته‌های مربوط به هزاره‌های پیش از میلاد و دوره‌های تاریخی است. از آثار شاخص آن می‌توان به ظرف سفالی با نقش متحرک (از قدیمی‌ترین نمونه‌های انیمیشن جهان) و آثار مرتبط با نخستین کوره‌های ذوب فلز اشاره کرد.